Laporan Keuangan BLU UIN Syarif Hidayatullah Jakarta telah di audit oleh Kantor Akuntan Publik dengan opini:
Laporan Keuangan BLU UIN Syarif Hidayatullah Jakarta TA 2013 di audit oleh KAP Chairul & Rekan dengan opini audit Wajar Tanpa Pengecualian (WTP)
Laporan Keuangan BLU UIN Syarif Hidayatullah Jakarta TA 2012 di audit oleh KAP Sukardi & Rekan dengan opini audit Wajar Tanpa Pengecualian (WTP)